Fue una temporada irregular, y solo al final se pudo salvar la categoría con tres victorias consecutivas que dejaron al equipo en la 15.ª posición. Los encuentros ante el Cartagena se disputaron el 7 de marzo en El Almarjal y el 28 de marzo en el Stadium Metropolitano, y ambos se saldaron con sendas victorias athléticas, por 2-1 y 4-1 respectivamente. El último partido jugado en esta cancha fue el 10 de septiembre ante Estudiantes Juniors con triunfo de Independiente. El 24 de mayo de 2009, el equipo hace historia: por primera vez desde su creación y al empatar en Alcoy 2-2 en el partido de vuelta con goles de Mena y de Juan Pablo, asciende a Segunda División.
Tras una primera vuelta prometedora en la que el equipo estuvo varias jornadas en la primera posición, la situación cambió bruscamente y se acabó la temporada en la octava posición. Miguel Rivera Mora se hizo cargo del banquillo, y con él llegó la salvación de la categoría en lo deportivo, dejando al equipo en una meritoria 11.ª posición. La temporada fue muy irregular, Felipe Mesones se sentó en el banquillo para dirigir el equipo hasta su destitución para ser sustituido por José Ramón Corchado. Con la llamada ‘‘Línea Brasileña’’ se consigue su segundo tricampeonato en línea (al lado de América, único equipo colombiano en hacerlo), Millonarios trae a José ‘‘Pepe’’ Romeiro Cardozo, el mejor jugador del Campeonato colombiano 1963, logra la mayor goleada de su historia el 7 de julio cuando golea al Deportes Tolima por 8-0. Santa Fe y Deportivo Cali lo acosaron hasta las últimas fechas pero no les alcanzó.
José Antonio Rodríguez Girona «Machuca» fue el primer entrenador de la temporada, después serían Juan Francisco Alcoy (de forma temporal) y Pep Balaguer. Al comenzar la segunda vuelta el FC Cartagena sigue demostrando las buenas sensaciones de la primera vuelta venciendo a equipos como el Girona FC en casa por 4-1 o Rayo Vallecano a domicilio por 2-3. Finalizadas 28 jornadas, dos tercios de liga, el equipo se afianzó en posiciones de ascenso a Primera División, consiguiendo una importante victoria frente al Cádiz CF por 4-1. A falta de 10 jornadas para la finalización del campeonato (jornada 32.ª) el FC Cartagena se impuso al Real Murcia CF en el Estadio Municipal Cartagonova por 3-2, camisetas thai futbol afianzándose en la segunda posición en solitario de la Segunda División.
Paco Jémez no llega a un acuerdo para renovar el contrato para la campaña 2009/2010, por lo que se desvincula del equipo. El 17 de julio de 1982 la directiva anunció que había serias ofertas de vender el club a Veracruz, dado que el equipo del puerto se encontraba en Segunda División. Finalizadas las 14 primeras jornadas del campeonato, un tercio de la temporada 2009/2010 y con una victoria sobre SD Huesca por 1-0 en el Estadio Municipal Cartagonova, el equipo cartagenero se situó líder de la Segunda División.
En el partido de ida, disputado en el Estadio Cartagonova, el Efesé gana 2-1 con goles de Héctor Yuste y de Samuel Bayón. Para destacar el hecho de que Nacional se convirtió en el primer equipo en la historia de los torneos cortos, que logró un título de visitante sin haber ganado de local el primer partido de la final.
El 8 de noviembre de 2009 tiene lugar en el Estadio Nueva Condomina el derbi entre el Real Murcia CF y el F.C Cartagena saldándose con victoria del equipo visitante por 1-4 con más de 8000 cartageneros en las gradas. Aunque no existe una gran animosidad, los partidos contra el Queens Park Rangers y contra el Brentford F.C. De igual manera, funcionan como expendio de entradas y abonos para los partidos que el equipo disputa en condición de local. Estuvo durante tres períodos, el primero desde septiembre de 1948 hasta abril de 1951, luego regresó a principios de 1954, consiguiendo el primer título en la historia del club y por último entre noviembre de 1956 y julio de 1957 cuando se presentaba la crisis que casi deja al borde de la desaparición al equipo.
Por su parte, la Concacaf disputaría por primera vez la Copa Concacaf en 1963, que más tarde sería reemplazada por la Copa de Oro. Aún llamada Copa de Campeones, Independiente demostró allí un juego muy contundente; en primera fase compartió grupo con Millonarios de Colombia y Alianza Lima, a quienes goleó de local por 5-1 y 4-0 respectivamente. El Cartagonova tuvo su mejor momento en la primera vuelta, pero en la segunda solo se logró una victoria y terminó en la 12.ª posición. Tras un buen inicio llegó la dimisión de Jesús Aranguren como técnico, provocada por una bronca de la grada tras perder en casa con el RCD Espanyol B por 0-4. La temporada se torció y el Cartagonova tuvo que pelear para lograr la permanencia, asegurándola con 46 puntos en la 13.ª posición.
Al final el FC Cartagena quedó en 13.ª posición. El FC Cartagena se había ganado el derecho a jugar el play-off de ascenso, y era favorito para lograr el objetivo. En la temporada 1999-2000 el objetivo era ascender de categoría. El resultado fue magnífico, el F. C. Cartagena arrasó en el grupo IV de 2.ª B y quedó campeón desplegando un fútbol de superior categoría, siendo un auténtico bloque y modelo a seguir de cómo hacer bien la cosas en esta categoría.
La indumentaria vuelve a cambiar, y se vuelve al modelo tradicional cartagenero de camiseta blanquinegra a rayas verticales y pantalón negro. Este modelo en concreto te permite cocinar todo tipo de alimentos al vapor y en el microondas. En el último tramo de liga llegó Juan Ignacio Martínez, un técnico que hizo un buen trabajo, salvó al equipo del descenso y mereció la renovación.
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